Futbalová akadémia FC Nitra bola založená v roku 2005 ako prvá svojho druhu na Slovensku. Jej cieľom je predovšetkým budovať kvalitnú mládežnícku základňu a perspektívne zapracovávať mladé futbalové talenty do seniorských mužstiev. V posledných piatich sezónach tvorilo seniorské mužstvo až 69% odchovancov akadémie.

Založenie akadémie je produktom dlhodobej filozofie klubu, zameranej na prácu s vlastnými odchovancami a talentovanou mládežou. Pri cieľavedomej práci využíva akadémia všetky nové i osvedčené, praktické a teoretické skúsenosti z domáceho aj zahraničného prostredia a permanentne tak skvalitňuje svoju štruktúru. Mladí futbalisti sú pod drobnohľadom kvalitných a skúsených trénerov a pedagógov, ktorí zabezpečujú komplexné a kvalifikované tréningové procesy s využitím moderných trendov na výchovu a rozvoj talentov.

Svojou kvalitnou organizáciou a materiálno-technickým zázemím je akadémia FC Nitra jednou z najkvalitnejších v rámci Slovenska. Dnes ju tvorí viac ako 200 mladých chlapcov a dievčat v 9. kategóriách a ďalších 150 hráčov prípraviek, pričom FA má zastúpenie vo všetkých najvyšších mládežníckych súťažiach. Počas svojho pôsobenia získali družstvá akadémie 19 slovenských majstrovských titulov, posledným z nich je titul Majstra Slovenska v kategórii U19 v sezóne 2015/2016, vďaka čomu sa prepracovali do prestížnej UEFA YOUTH LEAGUE a zahrali si tak mládežnícku Ligu Majstrov. Akadémia je každoročným organizátorom renomovaných medzinárodných mládežníckych turnajov s bohatou históriou a kvalitným obsadením – Memoriál Ladislava Baláža, Memoriál Erika Chlpíka a Memoriál Kamila Chatrnúcha.